Le substrat est placé sur le recouvrement. Il se compose de gravier lavé, chaux (pour amortir les variations de pH) et de sable. Il est habituellement épais entre 200 et 450 mm. Le substrat agit comme un filtre naturel pour toutes les petites particules dans l'eau. Une fois que l'eau passe par la zone de régénération, elle passe par le système de filtrage de la pompe et retourne dans le secteur de natation.
L'eau dans la piscine est distribuée par une pompe à la zone de régénération et est alors sucée vers le bas via le gravier par un réseau de tuyaux perforés. Un système de pompage est installé pour faire en sorte que la stagnation ne se produise pas. C'est le phénomène des différentes profondeurs de l'eau ayant différentes températures (plus l'eau est profonde, plus il fait froid). De par son action de mélangeur, la pompe égalisera la température de l'eau partout.
Les tuyaux perforées doivent permettre un mouvement égal de l'eau partout dans la zone de régénération, s'assurant ainsi que les plantes contribuent entièrement au nettoyage de l'eau. En plantant des plantes marginales dans le gravier, par opposition à des sols fertiles qui ont des niveaux élevés en aliments, elles doivent prendre leurs aliments directement de l'eau.